毎年行う税務申告の内容を税務署が確認することを「税務調査」といいます。
税務職員には税務調査をする権利が与えられていると同時に、納税者には税務調査を受ける義務があります。
税務調査は、正当な理由なく税務調査を拒否すると罰則があり、法人税法第162条では、税務調査を拒否した場合「一年以下の懲役又は二十万円以下の罰金に処する」と規定されています。
税務調査は任意ではありますが、一定の強制力を持ったもので、基本的に通知があった場合は対応する必要があります。

税務調査には、調査が入りやすい季節があります。 税務申告のピークが終わり、税務署の繁忙期が終了する6月末辺りに税務署内で人事異動が行われ、毎年7月に税務署としての年度がスタートします。
それにあわせ税務調査も7月から11月ぐらいにかけて本格的に実施されることになるため、春と秋に多くなります。

税務調査は、会社の規模・業績・業種などによって、調査周期が異なります。一般的に、下記のような会社に調査が入りやすいと言われています。

• 黒字の会社
• 現金売上が多い会社
• 売上や利益が急成長している会社
• 同業者と比べて申告している所得が著しく少ない会社
• 決算書上の金額に異常な値がある会社 - メディアに取り上げられ知名度が急に上がっている会社

また、新設法人で比較的利益が出ている会社は、３年目に税務調査が入るケースがあり、1つの目安になります。

空振りに終わっては意味がありませんので、税務調査を実施する際には事前に会社にいるかどうかの確認をしてから訪問することがほとんどです。
顧問税理士がついている場合は、あらかじめ先生に対して調査連絡が行きます。
どちらも「突然訪問される」ということはありません。 ただし、現金取引がほとんどの会社や、証拠隠滅が疑われるような場合は、抜き打ち調査が実施されることもあります。

税務調査の際に申告間違いが見つかり、税務署から申告税額の更正を受けたりすると、新たに納める税金のほかに過少申告加算税がかかります。
この過少申告加算税の金額は、新たに納めることになった税金の10%相当額です。
また、延滞税も必要です。 このほか、悪質な脱税や所得隠しとして判断されてしまうと、重加算税が追加される場合があります。
仮装隠蔽の事実がある場合は35%、理由なく申告期限内に申告せず仮装隠蔽の事実がある場合は40%の税率で追加課税されます。

税務調査が入ることがわかったら、まずは過去5年間の決算書と税務申告書、総勘定元帳、それに領収書や請求書といった証憑類を準備します。その上で、例年と異なる取引があればうまく説明できるようにしておきます。場合によっては、机の中やカバンの中も調べられるので、整理整頓を心がけておきます。 書類がそろったら、一通り内容を確認してミスがないかを確認しておきましょう。もしその時点でミスがみつかり、税務署の調査を受ける前に自主的に修正申告をすれば、延滞税のみで過少申告加算税がかかることはありません。

税務調査に対応できる経理体制をつくるためには、以下の4つがポイントです。 　

• 証憑を会計データと紐付けてキチンと管理する
　
• 日々の売上をもれなく計上する
　
• リアルタイムでいつでも数字を見られる環境を整える
• 作業を自動化してミスを防ぐ